हेनरी का सैन्य और राजनीतिक जीवन बहुत पहले ही शुरू हो गया था। नवंबर 1567 में, सोलह वर्ष की आयु में, उन्हें फ्रांस का लेफ्टिनेंट-जनरल नियुक्त किया गया, और इस रैंक के साथ शाही सैनिकों की कमान प्राप्त हुई। यद्यपि सैन्य अभियानों का प्रत्यक्ष नेतृत्व अधिक अनुभवी सैन्य नेताओं द्वारा किया गया था, यह हेनरी था जिसे मार्च और सितंबर 1569 में हुगुएनॉट्स पर दो महत्वपूर्ण जीत का श्रेय दिया गया था - यार्नक और मोनकोंटोर में। महिमा से आच्छादित, वह पेरिस लौट आया और यहाँ उसने दरबार की महिलाओं के दिलों पर अपनी पहली जीत दर्ज की।

बार्थोलोम्यू की रात के बाद, कैथोलिक और ह्यूजेनॉट्स के बीच गृहयुद्ध फिर से शुरू हो गया। फरवरी 1573 में, हेनरी ने सेना की कमान संभाली और ला रोशेल पहुंचे। एक उग्र गोलाबारी के बाद, शाही सैनिकों ने कई बार किले की दीवारों पर धावा बोलने की असफल कोशिश की, और फिर नाकाबंदी करने के लिए आगे बढ़े। इस बीच, हेनरी के दूत पोलिश राजा के रूप में उनके चुनाव के बारे में पोलिश सेजम में व्यस्त थे। फ्रांसीसी राजकुमार को सिंहासन सौंपने से पहले स्थानीय कुलीन वर्ग ने उनसे कई नई स्वतंत्रता और विशेषाधिकार की मांग की। उनकी संचयी कार्रवाई से, पोलिश राजा की शक्ति कम से कम हो गई थी, और कुलीनता को सभी राज्य मामलों पर लगभग असीमित प्रभाव प्राप्त हुआ था। जून में, सेजम ने बहुमत से हेनरी को राजा के रूप में चुना। यह जानने पर, उसने जल्दबाजी में घेराबंदी के साथ एक बहुत ही अनुकूल शांति का समापन किया और अपने नए राज्य में चला गया। फरवरी 1574 में, हेनरी को क्राको में पूरी तरह से ताज पहनाया गया था। उनका छोटा शासन 146 दिनों तक चला और सब कुछ दावतों और छुट्टियों से भरा था। जून 1574 में, चार्ल्स IX की मृत्यु की खबर आई। हेनरिक चुपके से क्राको को कुछ करीबी सहयोगियों के साथ छोड़ कर अपने वतन भाग गया। सितंबर में वह पहले से ही फ्रांस में था।

राज्याभिषेक से पहले ही, हेनरी ने शादी करने के अपने इरादे की घोषणा की। अपनी पत्नी के रूप में, उन्होंने नम्र और परोपकारी लुईस डी वोडेमोंट को चुना, जिसे उन्होंने केवल 1573 में ब्लैमोंट में पहले ही देखा था। 13 फरवरी, 1575 को राजा का राज्याभिषेक हुआ और दो दिन बाद लुईस के साथ विश्वासघात हुआ। शानदार सेलिब्रेशन के बाद ये कपल पेरिस लौट आया। नए राजा के पास एक जीवंत दिमाग और एक अच्छी याददाश्त थी, वह तेज-तर्रार था और धाराप्रवाह बोलने में सक्षम था। हालांकि, हेनरी के कई शुभचिंतकों ने उसके बारे में बहुत ही अप्रिय समीक्षा छोड़ी। इस प्रकार, विनीशियन जीन मिशेल ने लिखा: "वह आलस्य के लिए इतना समर्पित है, इसलिए सुख उसके जीवन पर कब्जा कर लेता है, वह सभी गतिविधियों से इतना बचता है कि यह सभी को भ्रमित करता है। राजा अपना अधिकांश समय महिलाओं की संगति में बिताते हैं, इत्र से सुगंधित, अपने बालों को कर्ल करते हैं, विभिन्न झुमके और अंगूठियां लगाते हैं ... "एक और समकालीन, ज़ुनिगा, रिपोर्ट करता है कि हेनरी हर शाम छुट्टी की व्यवस्था करता है और वह, जैसे महिला, झुमके और मूंगा कंगन पहनती है, अपने लाल बालों को काला करती है, अपनी भौहें खींचती है और यहां तक ​​कि ब्लश भी पहनती है। आर्कबिशप फ्रांगीपानी ने भी आलस्य के साथ हेनरी को फटकार लगाई। "24 साल की उम्र में," उन्होंने लिखा, "राजा अपना लगभग सारा समय घर पर और बहुत कुछ बिस्तर पर बिताता है। उसे कुछ करने के लिए दृढ़ता से डराना चाहिए। हेनरिक ने रईसों के सामान्य मनोरंजन की बहुत कम सराहना की - टूर्नामेंट, तलवारबाजी, शिकार। लेकिन उन्होंने अपने साथियों को बिलबॉक की तरह बच्चों के खेल के लिए एक जुनून के साथ आश्चर्यचकित कर दिया। मिनियन ("पसंदीदा") के लिए राजा के अत्यधिक जुनून ने भी अश्लील संदेह को जन्म दिया। 1578 में, एक प्रसिद्ध द्वंद्व हुआ, जिसे कई समकालीनों और बाद के उपन्यासकारों के विवरण से जाना जाता है, जिसमें राजा के लगभग सभी मंत्री गिर गए। हेनरिक हर दिन घातक रूप से घायल केलस के पास आया और डॉक्टरों से वादा किया कि अगर वे उसे ठीक कर देंगे तो 100 हजार फ़्रैंक। जब उनकी मृत्यु हुई, तो राजा का दुःख अथाह था। उन्होंने फिर कभी अपने बालों को अलग नहीं किया और अपने नाम के हर उल्लेख पर जोर से आह भरी। उन्होंने मृतकों के शवों को सुंदर मकबरों में दफनाने का आदेश दिया और उन पर संगमरमर की शानदार मूर्तियां स्थापित कीं। उसके बाद उसके पास केवल दो "पसंदीदा" बचे थे - जॉय्यूज़ और एपरनोन। हेनरिक ने उन पर अपने ध्यान के अपार संकेत की बौछार की और ड्यूक और पीयर दोनों की उपाधियाँ प्रदान कीं।

उनकी उदासी तेज हो गई और वर्षों से गहरे अवसाद में बदल गई। साथ ही मठवासी एकांत की लालसा थी। 1579 में, राजा और रानी ने एक उत्तराधिकारी के लिए व्यर्थ प्रार्थना करते हुए, पवित्र स्थानों की अपनी पहली तीर्थयात्रा की। 1583 से शुरू होकर, हेनरी लंबे समय तक किसी न किसी मठवासी मठ में रहे। वह सभी भाइयों के साथ भोर से पहले उठ गया और सभी सेवाओं में उपस्थित था। उनका खाना इन दिनों बहुत कम था। राजा प्रतिदिन पाँच घंटे गायन सेवा में और चार घंटे ज़ोर से या स्वयं प्रार्थना करने के लिए समर्पित करता था। शेष समय जुलूस और प्रवचन सुनने में व्यतीत होता था। वह साधारण भूसे पर सोता था, दिन में चार घंटे से अधिक आराम नहीं करता था। हेनरिक की एक विशिष्ट विशेषता, जो उनके बहुत सारे विरोधाभासी कार्यों की व्याख्या करती है, वह संदेह था, जिसने सभी उचित सीमाओं को पार कर लिया। इसलिए, 1583 में, हेनरी ने शाही मेनेजरी में सभी शेरों, भालुओं और बैलों को मारने का आदेश दिया क्योंकि उसने एक बुरा सपना देखा था: उसने सपना देखा कि उसे शेरों द्वारा फाड़ा और खा लिया जा रहा है।

इस प्रकार, हेनरी को एक सक्रिय और ऊर्जावान शासक नहीं कहा जा सकता था। इस बीच, वह शासन जो उसके बहुत गिर गया वह फ्रांसीसी इतिहास में सबसे अधिक परेशान करने वाला था। हर साल धार्मिक संघर्ष बढ़ता गया। अपनी वापसी पर, हेनरी ने फ्रांस को नागरिक संघर्ष के करीब पाया। आशा है कि राजा विभिन्न पक्षों में सामंजस्य स्थापित कर पाएगा, यह सच नहीं हुआ। जल्द ही एक नया युद्ध शुरू हुआ, जिसमें हेनरी के छोटे भाई, फ्रांसिस, हुगुएनोट्स की तरफ से लड़े। हालाँकि, लड़ाई केवल मामूली झड़पों तक ही सीमित थी। हेनरी स्वयं बिना किसी उत्साह के लड़े, शिविर के जीवन की असुविधाओं से दबे हुए थे और जल्द से जल्द पेरिस लौटना चाहते थे। 1576 में, ब्यूलियू में एक शांति संधि पर हस्ताक्षर किए गए थे। वालोइस के फ्रांसिस ने अंजु, टौरेन और बेरी को प्राप्त किया; नवरे के हेनरी - गुयेन; कोंडे से पिकार्डी के राजकुमार। राजा ने प्रोटेस्टेंट को धर्म की स्वतंत्रता दी, लेकिन पेरिस में नहीं और शाही दरबार में नहीं। इसके अलावा, उसने उन्हें आठ किले दिए जिनमें वे एक सुरक्षित आश्रय पा सकते थे। हुगुएनॉट्स से ली गई सभी सम्पदाएं उनके पूर्व मालिकों को वापस कर दी जानी थीं। इस संधि को प्रोटेस्टेंटों की जीत माना जा सकता है, जिन्होंने एक कठिन युद्ध में अपने अधिकारों का बचाव किया था। उसके बाद, प्रोटेस्टेंट गणराज्य एक स्वतंत्र राज्य के रूप में बदल गया: इसकी अपनी धार्मिक क़ानून, अपनी नागरिक प्रशासन, अपनी अदालत, अपनी सेना, अपना व्यापार और वित्त था।

कैथोलिक पार्टी द्वारा राजा की कोमलता को बेहद नापसंद किया गया था। इसके प्रमुख, ड्यूक हेनरी ऑफ गुइज़ ने, 1576 में, समर्पित सहयोगियों की मदद से, फ्रांस के विभिन्न क्षेत्रों में कैथोलिक विश्वास (कैथोलिक लीग) के रक्षकों के गुप्त समाज बनाने शुरू किए। पेरिस में, उन पर मुख्य कमान केंद्रीय समिति के नाम पर केंद्रित थी। पैरिश पुजारियों की सहायता से, लीग में भारी वृद्धि हुई, और इसके साथ ही गुइज़ की शक्ति खतरनाक सीमा तक बढ़ गई। जल्द ही वह उम्मीद कर सकता था कि, एक धार्मिक आंदोलन के प्रमुख के रूप में उठकर, वह आसानी से हेनरी III को उखाड़ फेंक सकता है और उसकी जगह ले सकता है। 1577 में रोम के रास्ते में ल्यों में मारे गए एक कूरियर से मिले कागजात के लिए धन्यवाद, राजा ने लीग के अस्तित्व के बारे में सीखा और अपने प्रतिद्वंद्वी के वास्तविक इरादों का अनुमान लगाया। हालाँकि, हेनरी समझ गया था कि गुइज़ का उत्पीड़न उसके खिलाफ राज्य के आधे हिस्से को उकसाएगा। इसलिए, व्यक्तिगत डिक्री द्वारा, उन्होंने लीग के गठन की पुष्टि की और खुद को इसका प्रमुख घोषित किया। ब्यूलियू पर हस्ताक्षर किए गए आदेश को रद्द कर दिया गया, धार्मिक युद्ध फिर से शुरू हो गया। कैथोलिकों को जल्द ही बर्जरैक में कुछ सफलता मिली। इसलिए, पोइटियर्स में 1577 में संपन्न हुई शांति हुगुएनोट्स के लिए बहुत कम अनुकूल थी।

लेकिन 1580 के दशक के मध्य में फ्रांस में स्थिति फिर से चरम पर पहुंच गई। 1584 में, राजा के छोटे भाई, अंजु के ड्यूक की मृत्यु हो गई। हेनरी का स्वयं कोई वारिस नहीं था। आने वाले वर्षों में, वालोइस राजवंश को पूर्ण पतन की उम्मीद थी, और सिंहासन के निकटतम उत्तराधिकारी हुगुएनोट्स, नवरे के हेनरी के प्रमुख थे। इस खतरे के मद्देनजर, लिगिस्ट ने अपनी गतिविधियों को फिर से शुरू कर दिया। गीज़ा ने स्पेन के साथ गठबंधन किया और बोरबॉन के कार्डिनल चार्ल्स को सिंहासन का उत्तराधिकारी घोषित किया। जैसे-जैसे गीज़ा मजबूत होता गया, राजा की शक्ति और अधिक भ्रामक होती गई। ह्यूजेनॉट्स और कैथोलिक दोनों उसके विरोधी थे। कम से कम बाद वाले को अपने साथ रखने के लिए, हेनरी को 1585 में नेमोर्स एडिक्ट पर हस्ताक्षर करने के लिए सहमत होना पड़ा, जिसने फ्रांस में कैथोलिक धर्म को छोड़कर किसी भी अन्य विश्वास की स्वीकारोक्ति को मौत की धमकी के तहत प्रतिबंधित कर दिया। इस आदेश के द्वारा, नवार के राजा को हेनरी की मृत्यु के बाद सिंहासन के उत्तराधिकारी के कानूनी अधिकार से हटा दिया गया था। गृहयुद्ध नए जोश के साथ छिड़ गया। अक्टूबर 1587 में, ह्यूजेनॉट्स ने कटरा की लड़ाई में कैथोलिकों को हराया। हेनरी को हार का मुख्य अपराधी माना जाता था। जब वे दिसंबर में राजधानी लौटे, तो पेरिसियों ने उनसे बड़ी दुश्मनी से मुलाकात की। राजा समझ गया कि विद्रोही राजधानी में गुइस का आगमन सामान्य आक्रोश का संकेत होगा, और उसे शहर लौटने से मना किया। मानो उनके फरमानों का मज़ाक उड़ाते हुए, मई 1588 में गुइज़ पेरिस पहुंचे और लोगों की उत्साही भीड़ ने उनका स्वागत किया। राजा ने शहर में सेना भेजने की कोशिश की, लेकिन 12 मई को पेरिसियों ने बैरिकेड्स के साथ उनका रास्ता रोक दिया। अगले दिन, हेनरी पेरिस से चार्ट्रेस के लिए सवार हुआ। व्यर्थ में, ड्यूक ऑफ गुइज़ ने राजा को समझाने की कोशिश की कि पेरिसियों के मूड में उसके लिए कुछ भी खतरनाक नहीं था। 2 अगस्त को वह खुद चार्टर्स पहुंचे। हेनरिक ने, जाहिरा तौर पर, उसके साथ मेल-मिलाप किया, उसे जनरलसिमो प्रदान किया, लेकिन पेरिस लौटने से इनकार कर दिया। अदालत ब्लोइस चली गई। यह गीसे के हेनरी की सर्वोच्च शक्ति का समय था। उन्होंने राजधानी में एक बेताज राजा की तरह व्यवहार किया, केवल शिष्टाचार के कारण सही सम्राट को उनके लिए उचित ध्यान देने के संकेत दिए। पेरिस ने परोक्ष रूप से उनके हर आदेश का पालन किया। कई लोगों ने खुले तौर पर कहा कि यह राजा हेनरी के लिए समय था, जैसे कि एक बार मेरोविंगियन - चाइल्डरिक, मठ में जाने के लिए और "वास्तव में शासन करने वाले" को सत्ता सौंपने के लिए। हेनरी ऑफ गुइस की बहन, डचेस डी मोंटपेंसियर ने खुले तौर पर अपनी बेल्ट पर कैंची पहनी थी, जिसके साथ उसने आखिरी वालोइस के सिर पर टॉन्सिल काटने की धमकी दी थी। लेकिन यह पता चला कि गीज़ा जल्दी जीत गया। राजा चुपके से जवाबी हमले की तैयारी कर रहा था। 23 नवंबर को, उन्होंने ड्यूक को अपने महल में आमंत्रित किया। हेनरी के कार्यालय के रास्ते में, वह राजा के अंगरक्षकों - 45 रईसों से घिरा हुआ था। उन्होंने तलवारों और खंजरों से गीज़ा पर बहुत से घाव किए, जिससे वह तुरन्त मर गया। उसके भाई, कार्डिनल, को जेल में डाल दिया गया और अगले दिन उसकी हत्या कर दी गई।

गुइज़ की मौत की खबर ने पूरे पेरिस और फिर पूरे फ्रांस में दहशत फैला दी। हर जगह कैथोलिकों ने राजा को शाप दिया। वालोइस राजवंश की मृत्यु के लिए प्रार्थनाओं के साथ चर्चों में जनता की सेवा की गई। पेरिसियों ने हेनरी गुइस के भाई चार्ल्स, ड्यूक ऑफ मायेन को लीग के प्रमुख के रूप में और चार्ल्स ऑफ बॉर्बन को राजा घोषित किया। कैथोलिकों की पार्टी द्वारा खारिज कर दिए जाने के बाद, हेनरी III को अनजाने में ह्यूजेनॉट्स के करीब जाना पड़ा। अप्रैल 1589 में, प्लेसिस-लेस-टूर्स के पार्क में, वह नवरे के हेनरी से मिले और आधिकारिक तौर पर उन्हें अपने उत्तराधिकारी के रूप में मान्यता दी। अपने सैनिकों को एकजुट करने के बाद, दोनों हेनरी विद्रोही पेरिस के पास पहुंचे। मई में, पोप ने राजा को चर्च से बहिष्कृत कर दिया। तभी से वे कट्टरपंथियों की नजरों में तमाम बुराइयों के अवतार बन गए। उनमें से कई उसे मारने और अपने विश्वास के लिए एक शहीद का ताज स्वीकार करने के लिए तैयार थे। 1 अगस्त को, जैक्स क्लेमेंट, एक जैकोबाइट भिक्षु, सेंट-क्लाउड में घेराबंदी के शिविर में आया, जैसे कि पेरिस से समाचार। राजा की बात मानकर उसने उसे कुछ कागज सौंपे, और फिर उसके पेट में खंजर से वार कर दिया। हेनरिक ने हत्यारे को दूर धकेल दिया और घाव से चाकू निकाला। भागे पहरेदारों ने साधु को सरकण्डों से काट दिया। लेकिन काम पहले ही हो चुका था - घाव घातक निकला और अगले दिन राजा की मृत्यु हो गई। अपनी मृत्यु से कुछ समय पहले, उन्होंने एक बार फिर नवरे के हेनरी को अपना उत्तराधिकारी घोषित किया और मांग की कि सभी उपस्थित लोग उनके प्रति निष्ठा की शपथ लें।

पेरिस में हेनरी तृतीय की मृत्यु की खबर से बहुत खुशी हुई। नगरवासियों ने इसे रोशनी और जंगली दावतों के साथ मनाया। डचेस ऑफ मोंटपेंसियर ने अपने भाइयों के लिए शोक मनाया और उत्सव के कपड़ों में शहर की यात्रा की। सभी चर्चों में धन्यवाद प्रार्थना की गई।