A carreira militar e política de Henrique começou muito cedo. Em novembro de 1567, aos dezesseis anos, foi nomeado tenente-general da França, e com esse posto recebeu o comando das tropas reais. Embora a liderança direta das operações militares tenha sido realizada por líderes militares mais experientes, foi a Henrique quem recebeu duas importantes vitórias sobre os huguenotes - em Yarnak e em Moncontour, em março e setembro de 1569. Coberto de glória, voltou a Paris e aqui fez suas primeiras vitórias sobre os corações das damas da corte.

Após a Noite de Bartolomeu, a guerra civil entre católicos e huguenotes recomeçou. Em fevereiro de 1573, Henrique assumiu o comando do exército e chegou a La Rochelle. Após um violento bombardeio, as tropas reais tentaram várias vezes, sem sucesso, invadir as muralhas da fortaleza e, em seguida, procederam ao bloqueio. Enquanto isso, os emissários de Henrique estavam ocupados no Sejm polonês sobre sua eleição como rei polonês. A nobreza local, antes de ceder o trono ao príncipe francês, exigiu dele muitas novas liberdades e privilégios. Por sua ação cumulativa, o poder do rei polonês foi reduzido ao mínimo, e a nobreza recebeu influência quase ilimitada em todos os assuntos do estado. Em junho, o Sejm elegeu Henrique como rei por maioria de votos. Ao saber disso, ele rapidamente concluiu uma paz muito favorável com os sitiados e foi para seu novo reino. Em fevereiro de 1574, Henrique foi solenemente coroado em Cracóvia. Seu curto reinado durou 146 dias e tudo estava cheio de festas e feriados. Em junho de 1574, chegou a notícia da morte de Carlos IX. Heinrich deixou Cracóvia secretamente com um punhado de associados próximos e fugiu para sua terra natal. Em setembro já estava na França.

Mesmo antes da coroação, Henry anunciou sua intenção de se casar. Como esposa, ele escolheu a mansa e benevolente Louise de Vaudemont, a quem ele havia visto apenas brevemente em 1573 em Blamont. Em 13 de fevereiro de 1575, ocorreu a coroação do rei e, dois dias depois, seguiu-se o noivado com Luísa. Após magníficas comemorações, o casal voltou a Paris. O novo rei tinha uma mente viva e uma boa memória, era perspicaz e capaz de falar fluentemente. No entanto, os inúmeros maus desejos de Henry deixaram comentários muito pouco lisonjeiros sobre ele. Assim, o veneziano Jean Michel escreveu: “Ele é tão dedicado à ociosidade, de modo que os prazeres ocupam sua vida, ele evita tanto todas as atividades que confunde a todos. O rei passa a maior parte do tempo na companhia de damas, perfumadas de perfume, enrolando os cabelos, colocando vários brincos e anéis ... ”Outro contemporâneo, Zuniga, relata que Henrique organiza férias todas as noites e que ele, como um mulher, usa brincos e pulseiras de coral, pinta o cabelo ruivo de preto, desenha as sobrancelhas e até usa blush. O arcebispo Frangipani também censurou Henry com ociosidade. “Aos 24 anos”, escreveu ele, “o rei passa quase todo o tempo em casa e muito na cama. Ele deve ser fortemente intimidado para fazê-lo fazer alguma coisa. Heinrich apreciava muito pouco os entretenimentos usuais dos nobres - torneios, esgrima, caça. Mas ele surpreendeu seus associados com uma paixão por jogos infantis, como bilbock. A paixão imoderada do rei por lacaios ("favoritos") até deu origem a suspeitas obscenas. Em 1578, ocorreu um famoso duelo, conhecido pelas descrições de muitos contemporâneos e romancistas posteriores, no qual quase todos os servos do rei caíram. Heinrich veio ao Kelus mortalmente ferido todos os dias e prometeu aos médicos 100.000 francos se eles o curassem. Quando ele morreu, a dor do rei foi imensurável. Ele nunca mais separou o cabelo e suspirou pesadamente a cada menção de seu nome. Ele ordenou que os corpos dos mortos fossem enterrados em belos mausoléus e ergueu magníficas esculturas de mármore sobre eles. Ele então tinha apenas dois "favoritos" restantes - Joyeuse e Epernon. Heinrich os cobriu com imensos sinais de sua atenção e concedeu a ambos os títulos de duque e par.

Sua melancolia se intensificou e ao longo dos anos se transformou em uma profunda depressão. Ao mesmo tempo, havia um desejo de solidão monástica. Em 1579, o rei e a rainha fizeram sua primeira peregrinação aos lugares santos, rezando em vão por um herdeiro. A partir de 1583, Henrique viveu por muito tempo em um ou outro mosteiro monástico. Junto com todos os irmãos, ele se levantou antes do amanhecer e esteve presente em todos os cultos. Sua comida naqueles dias era muito escassa. O rei dedicava cinco horas por dia a serviços de canto e quatro horas a orar em voz alta ou para si mesmo. O resto do tempo foi ocupado com procissões e ouvir sermões. Ele dormia sobre palha simples, descansando não mais que quatro horas por dia. Uma característica de Heinrich, que explica muito de suas ações contraditórias, era a desconfiança, que ultrapassava todos os limites razoáveis. Assim, em 1583, Henrique mandou matar todos os leões, ursos e touros do zoológico real porque teve um pesadelo: sonhou que estava sendo dilacerado e devorado por leões.

Assim, Henry não poderia ser chamado de governante ativo e enérgico. Enquanto isso, o reinado que lhe coube foi um dos mais preocupantes da história francesa. A luta religiosa aumentava a cada ano. Após seu retorno, Henry encontrou a França perto de conflitos civis. As esperanças de que o rei conseguisse conciliar as várias partes não se concretizaram. Logo começou uma nova guerra, na qual o irmão mais novo de Henrique, Francisco, lutou ao lado dos huguenotes. No entanto, a luta foi limitada apenas a pequenas escaramuças. O próprio Henrique lutou sem qualquer entusiasmo, estava sobrecarregado pelos inconvenientes da vida no campo e queria voltar a Paris o mais rápido possível. Em 1576, um tratado de paz foi assinado em Beaulieu. Francisco de Valois recebeu Anjou, Touraine e Berry; Henrique de Navarra - Guyenne; Príncipe de Condé à Picardia. O rei concedeu liberdade de religião aos protestantes, mas não em Paris e nem na corte real. Além disso, deu-lhes oito fortalezas nas quais poderiam encontrar um porto seguro. Todas as propriedades tomadas dos huguenotes deveriam ser devolvidas aos seus antigos proprietários. Este tratado pode ser considerado uma vitória para os protestantes, que defenderam seus direitos em uma guerra difícil. Depois disso, a República Protestante tornou-se, por assim dizer, um estado independente: tinha seus próprios estatutos religiosos, sua própria administração civil, seu próprio tribunal, seu próprio exército, seu próprio comércio e finanças.

A flexibilidade do rei era extremamente detestada pelo partido católico. Seu chefe, o duque Henrique de Guise, em 1576, com a ajuda de cúmplices devotos, começou a formar sociedades secretas de defensores da fé católica (Liga Católica) em diferentes regiões da França. Em Paris, o comando principal sobre eles estava concentrado sob o nome do comitê central. Com a ajuda dos párocos, a liga cresceu enormemente e, com ela, o poder de Guise chegou a limites perigosos. Logo ele poderia esperar que, tendo subido à frente de um movimento religioso, ele pudesse facilmente derrubar Henrique III e tomar seu lugar. Graças a documentos encontrados em 1577 de um mensageiro que morreu em Lyon a caminho de Roma, o rei soube da existência da liga e adivinhou as reais intenções de seu oponente. No entanto, Henrique entendeu que a perseguição dos Guises incitaria metade do reino contra ele. Portanto, por decreto pessoal, ele confirmou a formação da liga e proclamou-se sua cabeça. O édito assinado em Beaulieu foi anulado, a guerra religiosa retomada. Os católicos logo tiveram algum sucesso em Bergerac. Portanto, a paz concluída em 1577 em Poitiers foi muito menos favorável para os huguenotes.

Mas em meados da década de 1580, a situação na França voltou a escalar ao extremo. Em 1584, o irmão mais novo do rei, o duque de Anjou, morreu. O próprio Henrique não tinha herdeiros. Nos próximos anos, a dinastia Valois esperava degeneração completa, e o herdeiro mais próximo do trono era o chefe dos huguenotes, Henrique de Navarra. Diante dessa ameaça, os ligistas retomaram suas atividades. Gizé fez uma aliança com a Espanha e proclamou o cardeal Carlos de Bourbon herdeiro do trono. À medida que Gizé se fortaleceu, o poder do rei tornou-se cada vez mais ilusório. Tanto huguenotes quanto católicos eram hostis a ele. Para manter pelo menos este último com ele, Henrique teve que concordar em 1585 com a assinatura do Édito de Nemours, que proibia sob ameaça de morte na França qualquer outra confissão de fé, exceto o catolicismo. Por este decreto, o rei de Navarra foi removido do direito legal de herdar o trono após a morte de Henrique. A guerra civil eclodiu com vigor renovado. Em outubro de 1587, os huguenotes derrotaram os católicos na Batalha de Cutra. Henry foi considerado o principal culpado da derrota. Quando voltou à capital em dezembro, os parisienses o receberam com grande hostilidade. O rei entendeu que a chegada de Guise à capital rebelde seria um sinal de indignação geral e o proibiu de retornar à cidade. Como se zombasse de seus decretos, Guise chegou a Paris em maio de 1588 e foi recebido por uma multidão jubilosa. O rei tentou enviar tropas para a cidade, mas em 12 de maio os parisienses bloquearam seu caminho com barricadas. No dia seguinte, Henry viajou de Paris para Chartres. Em vão, o duque de Guise tentou convencer o rei de que não havia nada perigoso para ele no humor dos parisienses. Em 2 de agosto, ele mesmo chegou a Chartres. Heinrich, aparentemente, reconciliou-se com ele, concedeu-lhe o generalíssimo, mas recusou-se a retornar a Paris. O tribunal mudou-se para Blois. Esta foi a época do maior poder de Henrique de Giese. Ele se comportou na capital como um rei sem coroa, apenas por cortesia dando ao monarca legítimo os sinais de atenção que lhe são próprios. Paris obedeceu implicitamente a todas as suas ordens. Muitos disseram abertamente então que era hora de o rei Henrique, como o último dos merovíngios - Childerico, ir ao mosteiro e ceder o poder àquele "que realmente governa". A irmã de Henrique de Guise, a duquesa de Montpensier, usava abertamente uma tesoura no cinto, com a qual ameaçava cortar a tonsura da cabeça do último Valois. Mas acabou que Gizé triunfou cedo. O rei estava preparando secretamente um ataque de retaliação. Em 23 de novembro, ele convidou o duque ao seu palácio. No caminho para o escritório de Henry, ele foi cercado por 45 nobres - guarda-costas do rei. Com espadas e punhais, eles infligiram muitas feridas em Gizé, das quais ele morreu imediatamente. Seu irmão, o cardeal, foi preso e morto no dia seguinte.

A notícia da morte dos Guise atingiu com horror toda Paris e depois toda a França. Em todos os lugares os católicos amaldiçoaram o rei. Missas foram servidas nas igrejas com orações pela morte da dinastia Valois. Os parisienses proclamaram o irmão de Henrique Guise, Carlos, Duque de Mayenne, como chefe da liga, e Carlos de Bourbon como rei. Rejeitado pelo partido dos católicos, Henrique III involuntariamente teve que se aproximar dos huguenotes. Em abril de 1589, no parque de Plessis-les-Tours, ele se encontrou com Henrique de Navarra e o reconheceu oficialmente como seu herdeiro. Tendo unido suas tropas, ambos os Henriques se aproximaram da rebelde Paris. Em maio, o papa excomungou o rei da igreja. A partir desse momento, tornou-se aos olhos dos fanáticos a personificação de todos os males. Muitos deles estavam prontos para matá-lo e aceitar a coroa de mártir por sua fé. Em 1º de agosto, Jacques Clement, um monge jacobita, chegou ao acampamento dos sitiantes em Saint-Cloud, como se recebesse notícias de Paris. Admitido ao rei, entregou-lhe alguns papéis e depois o esfaqueou no estômago com um punhal. Heinrich empurrou o assassino e tirou uma faca do ferimento. Os guardas que correram cortaram o monge com juncos. Mas a ação já estava feita - a ferida acabou sendo fatal e no dia seguinte o rei morreu. Pouco antes de sua morte, ele mais uma vez anunciou Henrique de Navarra como seu sucessor e exigiu que todos os presentes prestassem juramento de fidelidade a ele.

Em Paris, a notícia da morte de Henrique III causou grande alegria. As pessoas da cidade celebravam com iluminações e festas selvagens. A duquesa de Montpensier tirou o luto pelos irmãos e viajou pela cidade com roupas festivas. Orações de ação de graças foram servidas em todas as igrejas.